Muitas polêmicas circundam a existência da Lei Rouanet, uma delas está diretamente ligada com o processo de aprovação de projetos culturais pelo MinC, pois muitas vezes projetos considerados de pouca importância cultural são aprovados e outros são deixados de lado, ou projetos de artistas que já possuem certa influência no meio artístico cultural são aprovados, visto que a Lei Rouanet deveria priorizar projetos independentes, de “peixes menores” por assim dizer. Um exemplo dessa infeliz verdade está na aprovação foi a captação de R$ 4,1 milhões para uma turnê do cantor sertanejo Luan Santana em 2014, ou seja, um artista amplamente conhecido
recebendo verba pública para realizar seus shows. Outro exemplo, mais recente que o anterior, é o da autorização de captação de R$ 356 mil para a publicação de uma biografia da cantora Claudia Leitte em 2016, que já esteve relacionada a outra
polêmica envolvendo captação de recursos em 2013, porém a cantora desistiu do projeto.
Outra polêmica que envolve a lei, é a forma fácil que se pode roubar dinheiro de cofres públicos através dela. Tendo como exemplo o caso da Operação Boca Livre de 2016, onde foi descoberto um grupo criminoso que atuou por quase 20 anos no Ministério da Cultura e havia fracionado R$ 180 milhões em projetos fraudulentos, superfaturamento, apresentação de notas fiscais relativas a serviços e
produtos fictícios, projetos duplicados e contrapartidas ilícitas realizadas às incentivadoras.